Der kan være rationelle og gode grunde til, at huse ikke kan opfylde mærkets krav til isolering. Derfor er der mulighed for, at husejeren i visse tilfælde kan kompensere for manglerne. De kompenserende tiltag skal give fleksibilitet ift. de mange forskellige feriehuse, ældre huse og bevaringsværdige huse, der ikke kan opfylde mærkets minimumskrav.
Kompenserende tiltag er ikke en genvej til mærkningsordningen, hvorfor der skal overkompenseres med 5% for at sikre forbrugeren et alternativ, der er mindst lige så energiforbedret, som dét kravene lægger op til.